D-Lab — 生体分子動態機能研究室
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D-Lab Software

pyNuD

HS-AFM Image Viewer

名古屋大学D研究室で開発された、高速原子間力顕微鏡データの解析・可視化・シミュレーションのためのソフトウェアです。

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pyNuD
2.7.0
Simulator
1.2.2
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ライセンス・利用について

pyNuD は、金沢大学・安藤研究室で開発された高速AFM(高速原子間力顕微鏡)の .asd 形式をはじめ、さまざまなAFM画像・表面データ形式を読み込める解析・可視化ソフトウェアです。pyNuD Simulator は、PDB/mmCIF 構造から AFM 像をシミュレーションするスタンドアロン版です。いずれも、AFMデータを扱う方であればどなたでも自由にダウンロードしてご利用いただけます。

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pyNuD 2.7.0

HS-AFM Image Viewer

pyNuD は、金沢大学・安藤研究室で開発された高速AFM(高速原子間力顕微鏡)のデータ形式(.asd)を中心に、Bruker/NanoScope(.spm)、Gwyddion(.asc/.gsf)、BCR/BCRF、HDF5/ARDF/ARIS、Asylum/Igor Binary Wave(.ibw)、JPK系コンテナなど、主要なAFM画像・表面データ形式の読み込みにも対応した解析・可視化ソフトウェアです。

HS-AFMASD1ch/2chPython
  • -最新版のインストーラーは、macOS が PKG、Windows が Setup EXE です。どちらも自動更新に対応しています。
  • -1ch/2chデータを統合的に読み込み、表示、解析できます。
  • -macOS版のpkgは未署名のため、ダブルクリックでは開けない場合があります。その際は[システム設定]→[プライバシーとセキュリティ]を開き、下部に表示される本インストーラーの項目で「このまま開く」を選んでから実行してください。

macOS

標準インストーラーの PKG。自動更新に対応します。

Windows

ウィザード形式の Setup EXE。自動更新に対応します。

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pyNuD Simulator 1.2.2

AFM像シミュレーター

pyNuD Simulatorのスタンドアロン版です。PDB/mmCIF構造からAFM像をシミュレーションし、構造モデルと実験像の比較、リボン表示、二次構造表示に利用できます。macOS版・Windows版ともにPyMOL(オープンソース版)を同梱しています。また、pyNuD本体の「AFM Simulator」プラグインを読み込めば、pyNuDと接続して実験AFMデータと直接比較できます。

SimulatorPDB/mmCIFPyMOLconda
  • -macOS版・Windows版ともにPyMOL(オープンソース版)を同梱し、PyMOL表示に対応しています。
  • -PyMOLを含むconda環境(Python実行環境一式)を同梱しているため、macOS版・Windows版ともに約4GBの空き容量が必要で、インストールには数分かかります。容量と時間に余裕をもって実行してください。
  • -同梱しているPyMOLはオープンソース版です(「PyMOL」はSchrödinger, LLC の商標)。詳細はPyMOLおよび同梱依存ライブラリのライセンス/third-party notices をご確認ください。
  • -macOS版のpkgは未署名のため、ダブルクリックでは開けない場合があります。その際は[システム設定]→[プライバシーとセキュリティ]を開き、下部に表示される本インストーラーの項目で「このまま開く」を選んでから実行してください。

macOS

PyMOL同梱のApple Silicon(arm64)向けPKGインストーラーです。約4GBの容量が必要で、インストールに数分かかります。

Windows

PyMOL同梱のインストーラー(x86_64)です。約4GBの容量が必要で、インストールに数分かかります。

pyNuDデモ

HS-AFM画像の読み込み、表示、解析ワークフローを示すデモ動画です。

AFM Simulatorデモ

構造データからAFM像をシミュレーションし、実験像と比較する流れを示します。