D-Lab — 生体分子動態機能研究室
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D-Lab Software

pyNuD

HS-AFM Image Viewer

名古屋大学D研究室で開発された、高速原子間力顕微鏡データの解析・可視化・シミュレーションのためのソフトウェアです。

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ライセンス・利用について

pyNuD は、金沢大学・安藤研究室で開発された高速AFM(高速原子間力顕微鏡)のデータフォーマット(.asd)を読み込むためのソフトウェアです。高速AFMデータを扱う方であれば、どなたでも自由にダウンロードしてご利用いただけます。

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pyNuD 2.4.0

HS-AFM Image Viewer

pyNuD v2.4.0 Release

名古屋大学D研究室で開発された高速AFM画像ビューアーです。ASD形式のHS-AFMデータを読み込み、表示、保存、画像処理、解析、プラグイン拡張までを一つのワークフローで扱えます。

HS-AFMASD1ch/2chPython
  • -1ch/2chデータを統合的に読み込み、表示、解析できます。

macOS

軽量な仮想環境版、標準インストーラーのPKG、ドラッグ&ドロップ形式のDMGを選べます。

Windows

ウィザード形式のインストーラー版と、展開して使えるポータブルZIP版があります。

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pyNuD Simulator 1.1.0

AFM像シミュレーター

pyNuD Simulator v1.1.0 Release

pyNuD Simulatorのスタンドアロン版です。PDB/mmCIF構造からAFM像をシミュレーションし、構造モデルと実験像の比較、リボン表示、二次構造表示に利用できます。

SimulatorPDB/mmCIFVTKPyMOL
  • -macOS版はPyMOL表示に対応しています。
  • -Windows版はPyMOL表示が不安定なため、VTK表示のみ対応しています。

macOS

PyMOL同梱のarm64向けPKGインストーラーです。

pyNuDデモ

HS-AFM画像の読み込み、表示、解析ワークフローを示すデモ動画です。

AFM Simulatorデモ

構造データからAFM像をシミュレーションし、実験像と比較する流れを示します。